小獵犬號之旅
達爾文在基督學院畢業後，和一些同學前往馬德拉群島研究熱帶博物學。後來有人推薦他以無支薪職位跟隨小獵犬號的船長羅伯特·費茲羅伊(Robert FitzRoy)前往南美洲探險，並繪製當地航海圖，在母親的同意下，達爾文踏上了小獵犬號之旅。
海軍勘探船小獵犬號(Beagle)進行了為期五年(1831年－1836年)的勘探活動，這期間達爾文將三分之二的時間花在了陸地上。他後來出版了《小獵犬號之旅》一書，詳盡地從社會學、政治學、和人類學的視角描述與總結了航行所及的土著與殖民地的風土人情；回到英國後，經過了十多年的時間，才逐漸形成了他進化論的思想。
進化論的問題
談到進化論，物競天擇，適者生存，首先必須得拋開神創論，因為進化論認為天下的物種都是自然演變的，不是神創造的。演化的開始由原始物質，形成原始細胞，逐漸再形成草屢蟲之類會爬的生物，不斷的演變，最後形成魚，魚爬上陸地成為兩棲類，再形成哺乳類，最後有了猴子在樹上爬，後來猴子下到地面，成為猿人，最後進化到現在的人類。
達爾文在登上小獵犬號之前，都還是一名虔誠的基督徒，但是他開始他的探險之旅後，慢慢的他就將神學拋在一邊了。小時候的達爾文信奉《聖經》完全無誤，甚至之後在劍橋大學修讀神學成為牧師。他的女兒表示，達爾文到老未再信奉基督教，但仍然會引述《聖經》作為道德權威，卻批判一些舊約中的歷史陳述。
長頸鹿的進化？
物競天擇理論最大的問題就在於要有「用進廢退說」的配合，也就是說一個物種要進化演變，首先要有競爭，競爭的先決條件就是要有競爭的物種出現。例如達爾文認為長頸鹿的脖子變的如此之長，是因為當時有些鹿的脖子沒有那麼長，後來發生了一場大乾旱，地上的草都枯死了，只剩下樹上的葉子還綠綠的，因為樹的根比較深 能夠吸到水，所以沒有馬上枯乾，鹿就只得吃樹上的葉子過活，那脖子短的鹿因為較低的樹葉都被吃完了，競爭不過長頸的鹿，後來就餓死了，因此現在就只能看到長頸鹿。
這個推理好像很合乎邏輯，但是長頸和短頸的鹿要怎麼出現？首先得是因為地上的草不夠吃了，鹿拚命想要吃樹上的葉子，在不斷想吃樹上葉子的過程中，鹿的脖子一代一代越來越長，最後物競天擇，經過自然淘汰的結果，長頸鹿獲勝，短頸鹿淘汰。
但是歷史上有短頸鹿出現嗎？「用進廢退說」不是已經被否決了嗎？沒有新物種的出現，何談的上競爭呢？「用進廢退說」在達爾文時代還是個顯學，沒有科學家提出證據質疑，但是現在在基因理論主導遺傳的環境中，認為基因才是決定因素，這就讓用進廢退說大潰敗。(待續)
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