農藥殘留於穀物、蔬菜、果品、畜產品、水產品以及土壤和水體中的現象，稱為農藥殘留。農藥使用後會分解而殘留，一部分附著於作物上，一部分散落在土壤、大氣和水等環境中，環境殘存者又會被植物吸收，最後又通過環境、食物鏈，仍是會傳遞給人、畜。

二次世界大戰前，農業生產使用的農藥主要是含砷、硫、鉛、銅等無機物，還有除蟲菊酯、尼古丁等取自植物的有機物，但二次世界大戰期間，人工合成有機農藥開始應用於農業生產。

至今，全世界化學農藥年產量近200萬噸，有1千多種人工合成化合物被用做殺蟲劑、殺菌劑、殺藻劑、除蟲劑、落葉劑等。有機農藥也被大量使用，造成嚴重的農藥汙染，嚴重威脅人體健康。

現今的農藥，有些可在短時間內降解為無害物質，但有些則不行，如DDT在內的有機氯類農藥，殘留性強。依據殘留的特點，農藥有三種：一為在植物內殘留，如六氯環己烷（HCH，俗稱六六六）、異狄氏劑（Hexadrin）；一為在土壤中殘留，如艾氏劑（aldrin）、狄氏劑（Dieldrin）；一種是溶於水，在水中殘留者，如異狄氏劑（Hexadrin）。

殘留的農藥有些很難分解，一直保持原來的化學結構，有些則可以其化學轉化產物或生物降解產物的形式殘存。

在土壤中殘留的農藥可由植物的根部吸收進入植物體內。例如對艾氏劑（aldrin）的吸收能力，花生優於大豆，再優於燕麥，再優於大麥，再優於玉米。一般而言，根部散布的農藥濃度大於莖部，再大於葉與果實。

農藥可進入河流、湖泊、海洋，逐步的在水生生物體內累積，例如自然界中的魚，有機氯殺蟲劑都可檢測出來，濃縮係數有時可達四萬倍。

有些農藥現已完全被禁止使用，如有機砷、汞等農藥，因其代謝物無法降解，造成的毒害太大而被禁止。

六六六、DDT等有機氯農藥，化學性質穩定，自然中消解緩慢，又容易在人和動物體脂肪中積累，其代謝物雖然毒性降低，但仍是存在殘毒問題。

有機磷、氨基甲酸酯類農藥算是相對較安全的農藥，因為其容易受外界條件影響而分解，但這類農藥仍有部分是高毒與劇毒，不可不注意，如甲胺磷（Methamidophos）、涕滅威（aldicarb）、克百威（Carbofuran）、水胺硫磷（Isocarbophos），如不慎被用於生長期短、連續採收的蔬菜，很難避免因殘留量超標而導致人畜中毒。

有些農藥雖然毒性較低，但其代謝物毒性反而較高，如二硫代氨基甲酸鹽類殺菌劑，其代謝物乙撐硫脲（Ethylenethiourea）反而成為致癌物，諸如此類，不可不慎。

自然耕種，是最好避免農藥毒性的方法，但囿於商業利益，只限於極少數自家耕種可達成，一般人只好是自求多福了。＠◇